Het Bureau Genetisch Gemodificeerde Organismen (Bureau GGO (Genetisch Gemodificeerd Organisme)) verzorgt de administratieve en technisch-wetenschappelijke uitvoering van de vergunningverlening op grond van het Besluit GGO en ondersteuning van het beleid.
In de praktijk betekent dit onder meer het afhandelen van vergunningaanvragen voor ingeperkt gebruik en introductie in het milieu (hieronder valt gentherapie-onderzoek). Het Ministerie van IenW is verantwoordelijk voor de beschikking op vergunningaanvragen.